Im Versuch eine Black World, eine Welt ohne fortschrittliche Geräte, zu erschaffen, haben Terroristen einen hochkomplexen Virus frei gesetzt. Überrascht mussten sie allerdings feststellen, dass er längst nicht das bewirkte, was sie sich erhofft hatten. Anstatt auf einen Schlag alle elektrischen Geräte abzuschalten und alle Daten zu löschen, geschah einfach gar nichts. Im Glauben der Anschlag sei gescheitert, legten sie Projekt Black World zu den Akten und vergaßen den Versuch einfach. Allerdings blieb der Versuch nicht ohne Folgen, denn das digitale Netzwerk war bereits infiziert.

Unbemerkt von den meisten Menschen existiert die Digiwelt neben der unseren, die mit den Folgen von Black World zu kämpfen hat. Digimon vereinten sich mit dem Virus und entwickelten sich zu bösen Tyrannen, die nach und nach die Digiwelt unterjochten. In einem letzten Aufgebot der Mächte des Guten, stellten sich die Beschützer der Digiwelt gegen die korrumpierten Digimon. In einem furchtbaren Kampf, wurde das Ende der bisherigen Digiwelt herbeigeführt.

Yggdrasil, eine unerklärliche Macht in der Digiwelt, nutzte die freigesetzten Kräfte der guten und bösen Digimon um eine völlig neue Digiwelt zu erschaffen. Aus der Kraft der größten Gruppen wurden die neuen Digitalismane erschaffen. Darunter auch der zwei Gruppen, die den Kampf am heftigsten geführt hatten, den Souveränen und den Chaos Generälen. Yggdrasil wollte den Kampf nicht verhindern, sondern ihn nur besser verlagern um zu verhindern, dass die Digiwelt komplett gelöscht würde. Trotzdem glaubte er, der Black World Virus sei beim Kampf völlig zerstört worden.

Ein Irrtum wie sich bald herausstellen sollte, denn immer wieder entstanden dunkle Gebiete, die die darin befindlichen Digimon infizierten und ihre schlechtesten Seiten zum Vorschein brachten. Bei der Neuentstehung waren die Digitalismane erschienen, verschiedene Gegenstände mit denen seltene oder stärkere Digitationen durchgeführt werden konnten. Manche von ihnen konnten allerdings nicht von Digimon benutzt werden.

Außerdem waren die Anführer beider Seiten verschwunden oder zurück digitiert. Kämpfe um die Digitalismane und die machtvollen Orte der neuen Digiwelt entstanden. Um neue Kraft für ihren Kampf zu schöpfen, beschlossen viele Digimon sich einen menschlichen Partner zu suchen, der ähnliche Werte vertrat wie er selbst. Zum Teil frei gewählt, zum Teil vom Schicksal zusammengeführt, finden immer mehr Menschen an der Seite von Digimon ihren Weg in die Digiwelt und werden in die Kämpfe der verschiedenen Fraktionen hineingezogen.

In einer neuen Generation werden nun die alten Kämpfe weitergeführt und auch die Gruppen um die Chaos Generäle und die Souveräne schöpfen neue Kraft.